Setelah sebuah fasilitas nuklir di Jepang diserang, satu-satunya petunjuk yang tertinggal hanyalah kata “VON” yang dicat merah. Pemerintah dibuat tak berdaya, polisi kelimpungan mencari pelaku, dan publik tak tahu apa-apa sampai enam bulan kemudian sebuah video aneh muncul di internet. Di dalamnya, dua remaja yang menyebut diri mereka “Sphinx” menantang polisi secara terang-terangan, mengancam akan menebar kekacauan di seluruh Tokyo. Saat kepanikan massal menyebar dan petunjuk begitu minim, Detektif Kenjirou Shibazaki terjebak di pusat perburuan yang semakin menyesakkan.
Zankyou no Terror mengikuti Nine dan Twelve, dua sosok di balik topeng Sphinx. Seolah tak seharusnya ada, mereka tetap melangkah di tengah dunia penuh tipu daya dan rahasia, mengguncang kota demi mengubur kebenaran tragis yang mereka bawa.