Yuusei Fudou berusaha mendapatkan kembali apa yang telah dicuri darinya.
Dunia duel telah berevolusi, dengan Riding Duels menjadi puncak hiburan bagi penduduk Kota Neo Domino. Duel dimainkan di D-Wheels, gabungan antara Duel Disk dan sepeda motor. Setelah Yuusei yang ahli dalam mekanik berhasil membuat D-Wheel miliknya sendiri, mantan temannya Jack Atlas mencurinya bersama kartu terbaik Yuusei, Stardust Dragon; meninggalkan kampung halaman mereka yang bobrok di Satellite, ia melarikan diri ke Kota Neo Domino.
Dalam dua tahun sejak saat itu, Jack telah naik ke puncak dunia duel, sementara Yuusei telah membuat persiapan berkat bantuan teman-temannya. Setelah D-Wheel barunya selesai, ia sekarang berangkat ke Kota Neo Domino, satu-satunya tujuannya adalah menemukan Jack. Tanpa sepengetahuan mereka berdua, ada hal-hal yang jauh lebih besar yang dipertaruhkan daripada yang dapat mereka bayangkan, dengan dalang yang mengendalikan di balik layar.