Sepanjang sejarah, sekelompok gadis kuil elit yang dikenal sebagai "Toji" telah menyelamatkan dunia dari "Aratama," makhluk aneh dan jahat yang berniat menghancurkan umat manusia. Di zaman modern, para pejuang ini telah ditugaskan ke regu polisi khusus untuk membasmi Aratama. Pemerintah juga telah mendirikan lima sekolah elit di seluruh negeri untuk memberikan keterampilan bertarung pedang yang diperlukan kepada para gadis muda untuk membasmi monster-monster ini dan akhirnya bergabung dengan sesama Toji dalam melindungi dunia.
Seorang siswi dari salah satu dari lima sekolah tersebut, Kanami Etou, terpilih untuk mewakili Akademi Minoseki dalam turnamen pertarungan pedang, di mana ia bertemu dengan Hiyori Juujou yang misterius. Meskipun Kanami dan Hiyori naik ke puncak turnamen, pertempuran mereka mengambil giliran yang tak terduga, melemparkan dunia Toji ke dalam kekacauan. Kemungkinan besar Toji menghadapi pengkhianatan dari dalam, keduanya terpaksa melarikan diri dari turnamen, berkonflik dengan mantan rekan mereka di sepanjang jalan.