Yuji Sakai mengira hari-hari SMA-nya akan berjalan biasa selamanya, sampai sebuah pertemuan dengan gadis berambut dan bermata merah mengubah segalanya. Dalam perjalanan pulang, ia menyaksikan pemandangan ganjil: orang-orang membeku di dalam kobaran api aneh, sementara sesosok monster mirip boneka raksasa meneror tanpa ampun. Saat nyawanya nyaris melayang, seorang gadis berjubah gelap muncul dengan pedang besar dan menebas makhluk itu seketika. Yuji selamat, tetapi gadis itu menyampaikan kenyataan pahit: “Kamu sudah tidak ada.”
Gadis yang kemudian ia beri nama Shana itu adalah Flame Haze, pemburu para “Guze no Tomogara” dari dunia lain. Ia menjelaskan bahwa Yuji kini hanyalah “Torch”, pengganti dari keberadaan yang telah dimangsa, namun bukan Torch biasa. Di dalam dirinya tersimpan sesuatu yang berharga, dan sejak saat itu, Yuji terseret ke dalam pertarungan tanpa akhir bersama Shana, di batas antara kehidupan normal dan perang yang tak terlihat.