Minato Sahashi sebenarnya sangat cerdas, tetapi selalu runtuh saat berada di bawah tekanan. Setelah dua kali gagal ujian masuk perguruan tinggi, ia pun dicap sebagai pecundang oleh banyak orang, termasuk harus menghadapi kekecewaan ibunya sendiri. Hidupnya yang suram berubah drastis ketika ia tanpa sengaja bertemu Musubi, seorang gadis yang sedang diburu dan membutuhkan pertolongan.
Dalam pelarian itu, Minato mengetahui fakta mengejutkan tentang dirinya. Tanpa ia sadari, ia adalah Ashikabi, sosok langka yang memiliki kemampuan untuk berpasangan dengan Sekirei, para petarung istimewa yang jumlahnya mencapai 108. Ikatan tersebut bukan sekadar kedekatan, melainkan kunci agar Sekirei dapat mengerahkan kekuatan penuh demi bertahan dan menang dalam sebuah kompetisi berbahaya yang digelar oleh korporasi misterius bernama MBI.