Di masa depan yang misterius, dunia telah hancur akibat enam meteor dan kini dihuni oleh makhluk kristal yang disebut Gems. Masing masing Gem diberi peran untuk menghadapi serangan Lunarians, sosok asing yang memburu mereka demi memecahkan tubuh mereka dan menjadikannya hiasan.
Phosphophyllite, atau Phos, adalah Gem muda yang rapuh namun ingin ikut berjuang demi teman temannya. Sayangnya, karena kondisi yang terlalu rentan, mereka justru ditugaskan menyusun ensiklopedia. Dalam perjalanan menjalankan tugas yang terasa tidak berarti itu, Phos bertemu Cinnabar, Gem cerdas yang diasingkan untuk berpatroli sendirian di malam hari karena racun korosif yang dihasilkan tubuhnya. Melihat kesepian Cinnabar, Phos pun bertekad menemukan tempat yang tepat bagi mereka berdua, sambil membuktikan bahwa mereka juga bisa berguna dan melindungi sesama Gems.