Bertahun-tahun lalu, semua hantu di sebuah sekolah berhantu diusir oleh seorang siswa. Sekarang, mereka kembali—dan mereka ingin balas dendam...
Satsuki dan Keiichirou Miyanoshita adalah dua bersaudara yang sedang berduka atas kehilangan tragis ibu mereka. Setelah pindah ke kampung halaman ibu mereka, mereka mengetahui bahwa sekolah tempat mereka pindah adalah bangunan tua—yang konon berhantu. Meskipun awalnya menganggapnya hanya rumor konyol, keduanya segera menyadari bahwa hantu memang nyata dan mereka mengincar mereka! Gakkou no Kaidan adalah kisah menyeramkan tentang kehidupan kedua bersaudara ini dan teman-teman baru mereka saat mereka mencoba bertahan hidup dari hantu-hantu sekolah—dengan sedikit bantuan dari kucing peliharaan mereka di sepanjang jalan.