Dua puluh tahun sebelum dimulainya cerita, sebuah asteroid yang menuju Bumi menghancurkan Pluto. Akibat kehancuran Pluto, asteroid yang dijuluki Thanatos itu menjadi stagnan untuk sementara waktu. Kini, untuk menghindari kehancuran Bumi yang akan datang, Badan Pengembangan Tata Surya Internasional (ISDA) mengerjakan "Proyek D", dan menciptakan "Dragonaut" setelah menemukan telur naga di bawah laut. Tujuan utama senjata ini adalah untuk menghancurkan asteroid ketika saatnya tiba. Namun, mereka segera menyadari bahwa asteroid bukanlah satu-satunya ancaman, karena makhluk-makhluk mirip naga yang kuat, yang berniat menghancurkan, muncul di Bumi.
Setelah menyaksikan pembunuhan oleh salah satu makhluk tersebut, Jin Kamishina, seorang pemuda berusia 18 tahun yang kesepian dan kehilangan keluarganya dalam kecelakaan pesawat ulang-alik dua tahun lalu, terlibat dalam misteri naga dan menjadi pilot terpilih Dragonaut. Dalam perjalanannya, ia dibantu oleh Toa, seorang gadis misterius yang menyelamatkannya dari kematian setelah makhluk itu menyerangnya. Saat mereka semakin mendalami misteri naga, mereka bertemu teman dan musuh baru, dan juga mulai mengembangkan hubungan yang lebih dekat.