Saat pertama kali bertemu, petarung jalanan tak terkalahkan Masaru Daimon dan Digimon pemberontak Agumon menjadi teman dengan cara yang paling alami bagi duo yang keras kepala ini—dengan bertarung habis-habisan. Tim yang menyebut diri mereka "tim pamungkas" ini direkrut oleh organisasi pemerintah rahasia bernama Digital Accident Tactics Squad, atau DATS, yang telah menyaksikan tontonan luar biasa seorang manusia bertarung habis-habisan dengan Digimon. Tujuan utama mereka adalah menyelidiki masalah misterius yang disebabkan oleh Digimon yang memasuki dunia nyata, dan dunia saat ini sedang berada di tengah krisis dengan Digimon yang muncul dengan kecepatan yang belum pernah terjadi sebelumnya.
Memulai berbagai misi dengan DATS, Masaru dan Agumon menjadi rekan kerja dengan jenius remaja Touma Norstein dan Digimon pasangannya Gaomon, bersama dengan Yoshino "Yoshi" Fujieda yang baik hati dan Digimon pasangannya Lalamon. Saat kelompok ini terus menyelidiki peningkatan pesat Digimon di dunia mereka, kebenaran yang lebih gelap mulai muncul.