Setahun setelah “Black Rebellion”, para Black Knights menghilang tanpa jejak dan sang pemimpin bertopeng, Zero, dinyatakan telah dieksekusi oleh Kekaisaran Britannia. Area 11 kembali tercekik di bawah kekuasaan sang Kaisar, sementara pasukan Britannia memusatkan serangan di front Eropa. Namun bagi warga Britannia yang tinggal di Area 11, hari-hari seolah berjalan normal seperti biasa.
Di tengah rutinitas itu, seorang siswa Britannia di Akademi Ashford diam-diam membolos untuk menyalurkan hasratnya bertaruh lewat permainan catur. Tanpa ia sadari, berbagai pihak mengincarnya dari balik bayang-bayang. Sebuah pertemuan yang mengguncang akan membuka kembali masa lalu yang selama ini tertutup, dan legenda pemberontak bertopeng, Zero, bersiap kembali mengguncang dunia.