Semester dua dimulai, dan Kelas 3-E kembali ke sekolah dengan tekad yang makin tajam setelah petualangan mereka di pulau saat liburan musim panas. Target mereka tetap sama: membunuh guru wali kelas yang licin dan nyaris mustahil ditangkap, Koro-sensei. Namun, ancaman tak hanya datang dari sang guru, karena para pembunuh bayaran lama maupun baru ikut mengincar hadiah yang kian besar atas kepalanya.
Di sisi lain, persaingan dengan Kelas A serta tekanan dari kepala sekolah Kunugigaoka yang menakutkan terus menghalangi langkah mereka untuk berprestasi. Terjepit di antara misi pembunuhan dan tuntutan akademik, Kelas 3-E harus tetap kompak, menghadapi rintangan demi rintangan, dan membuktikan seberapa jauh mereka bisa melangkah menuju tujuan yang tampak mustahil itu.