Jepang, tahun 2035. Sebuah kecelakaan penelitian yang dikenal sebagai Burst melahirkan bentuk kehidupan buatan tak terkendali bernama Matter, yang menyebar dan menelan Kurobe Gorge. Kota riset yang dulu dipuja sebagai harapan umat manusia pun ditutup rapat oleh pemerintah, menyisakan luka dan misteri yang tak terjawab.
Dua tahun kemudian, Aiko Tachibana, gadis 15 tahun yang kehilangan keluarganya akibat Burst, menjalani hari-hari dengan bayang-bayang masa lalu. Namun kedatangan murid baru bernama Yuya Kanzaki mengguncang dunianya dengan sebuah pengakuan yang sulit dipercaya: ada rahasia tersembunyi di dalam tubuh Aiko. Untuk menemukan jawabannya, mereka harus mendekati Primary Point, titik pusat terjadinya Burst, tempat kebenaran yang selama ini dikubur menanti untuk terungkap.